1961-1969款林肯Continental
Continental的超高端定位就決定了它的銷量不會太好，但持續的虧損也讓這個新部門難以為繼，于是福特又在1960年將Continental部門整合進了林肯品牌，這一年面世的新Continental又從一個獨立品牌變回了林肯旗下的車型。為了節約成本，這一代Continental使用了和當時福特Thunderbird相同的底盤，但設計方面做了一些更加偏向豪華和舒適的修改。同時為了增加豪華氛圍，車內也大量采用了加州胡桃木貼片的內飾板。
完成換代的1961款林肯Continental擁有雙門硬頂、四門轎車和四門敞篷三種車身形式，在結構方面它有兩個改變，一是尺寸變小了，它是1956年以來最緊湊的Continental車型，首先軸距大幅縮水203mm，減小到了3124mm，長寬高也被縮小到5395mm、1996mm和1361mm。林肯宣稱為Continental“瘦身”可以方便泊車以及女性司機駕駛，然而接下來的改款中Continental身材卻一再反彈，到1969款的長度又增加到了5695mm。根據配置的不同，這一代Continental的整備質量為2300-2600kg，為了更好的控制如此沉重的車身，前輪盤式剎車從1965款開始成為了標配，此外，前排座椅安全帶也在這款車型上得到了普及。
這代Continental另一個更大的變化是四門版車型的后門采用了反向開啟的“自殺門”。這主要是為了方便后排乘客的上下車，畢竟這臺車的消費者非富即貴，上下車姿勢的優雅也是很有必要的。由于反向開啟的車門有一定危險，林肯還為這臺車安裝了車門指示燈，另外還采用了氣動門鎖。動力方面，這一代Continental使用了7.0L、7.5L和7.6L三種V8發動機，與之匹配的是3速自動變速箱。從最初的1961款開始，每一年林肯都會對Continental進小幅修改，截至最后的1969款，這一代Continental一共售出了超過33萬臺。
肯尼迪總統座駕
1961年開始，林肯Continental再次成為總統座駕，這次它服務的是美國第35任總統肯尼迪。它是在一臺深藍色1961款四門敞篷上改裝而成的，根據特勤局的要求，這部車的軸距被加長至3962mm，防彈裝甲等高等級安全配置也被隱藏到它的車身之內。此外，包括這臺車在內的早期美國總統專車都采用了敞篷形式，因此林肯還專門為這臺車提供了可拆卸的透明防彈罩。
1963年，肯尼迪總統來到德克薩斯州達拉斯市進行爭取連任的活動，德州是共和黨的票倉，而出身民主黨的肯尼迪總統為了顯示自己對達拉斯人民的信任，特意要求摘掉自己Continental的防彈車篷，然而卻在乘車途徑迪利廣場時遭遇槍擊不幸身亡。而后這臺特勤局代號為SS-100-X的總統座駕在經過修復和加強之后又繼續為白宮服務了很多年，如今被永久保存在了底特律的亨利·福特博物館中。
1969-1971款林肯Continental Mark III
較之前代產品，新添了兩個車門的Continental無疑更具實用性，適用的場合更加廣泛，因此也取得了更好的銷量，但這卻多少背離了前兩代車型的定位，于是林肯在1967年推出了僅有雙門版的林肯Continental Mark III，這臺車和1958款的Continental Mark III同名，只不過品牌變成了林肯。它和當時的Continental一樣給予福特Thunderbird底盤打造，因此被人們稱為“有勞斯萊斯進氣格柵的福特Thunderbird ”，除了這個車頭的格柵，它還有兩個特點，一是隱藏式頭燈，再有就是和Continental Mark II一樣的備胎形狀后備廂蓋凸起。
1970-1979款林肯Continental
林肯Continental從1961款到1969款每年都在經歷小幅改進，但從沒有真正的換代，這種情況在1970款Continental上終于得以改變。為了控制成本，這一代車型繼續共享福特集團其他車型的底盤，這次它的兄弟車型是福特LTD和水星Marquis。
1969款款林肯Continental Mark III的造型受到了市場的認可，于是林肯為全新換代的1970款Continental穿上了風格相似的“新衣服”，只是后備廂蓋上的備胎凸起沒有被繼承下來。1970款開始的Continental同上代車型一樣同時擁有四門和雙門版本，但四門版的后門取消了反向開啟的“自殺門”，轉而采用了更加正常的形式。此外，當時流行的皮革車頂也出現在了它的身上。與此同時，這一代車型還標配了雙向電動調節座椅、可調頭枕、可自動釋放的手剎等配置。
身材方面，新一代Continental繼續加大，其中軸距達到了3226mm，后期版本更是長達3231mm。1970款車型的“三圍”是5715mm×2022mm×1415mm，此后幾乎每年林肯都會為Continental“增肥”，到了1977年，它的全長已經達到了前所未有的5918mm，同時整備質量也達到了2200-2400kg。體量的增長也讓林肯拋棄了曾在上代車型上采用的承載式車身結構。
這一代Continental的動力和前任相比沒有太大變化，但在它的生產周期中，外觀內飾和從前的幾十年一樣經歷了頻繁的改款，林肯這樣做主要是為了避免消費者對自己的產品產生審美疲勞。于此同時，它還推出了多款特別車型，其中就包括為紀念林肯品牌誕生50周年的金婚紀念版Continental Town Car和雙色車身的威廉斯堡版Continental Town Car等。另外，在1972款林肯Continental基礎上打造的總統專車為三任美國總統服務了長達10年之久。
1972-1976款林肯Continental Mark IV以及1977-1979款的Mark V
在生產標準版林肯Continental的同時，林肯還在售賣Mark系列車型，它們分別是1972-1976款的Mark IV以及1977-1979款的Mark V。它們都是基于1972版福特Thunderbird底盤打造，同時繼承了Continental Mark III的大部分外觀特征，包括直瀑式進氣格柵和后備廂蓋上的備胎隆起。動力方面和普通版相比沒有什么特殊之處，但由于定位的原因，它擁有更加個性的“豪華包”顏色方案，包括月光之塵銀、蔓越莓紅等。此外，Mark IV還有幾個設計師特別版的顏色組合，紀梵希版、卡地亞版等都在其中。